La Cofradía tiene como su sede canónica la Iglesia de San Juan Bautista, templo principal de la ciudad y de la parroquia de San Juan Bautista y Santa María de Vélez-Málaga. Si bien desde su fundación hasta 1991 la sede de la cofradía estuvo radicada en la Iglesia del Convento de Nuestra Señora de Gracia, popularmente conocida como Las Claras y que formaba parroquia junto a la Iglesia de Santa María la Mayor, que se reunificó con San Juan a finales de 2008.
La Iglesia de San Juan Bautista fue construida a principios del siglo XVI en estilo mudéjar, destacando su imponente campanario, que data de mediados del mismo siglo. La iglesia, de grandes dimensiones, cuenta con tres naves, siendo la central más amplia y alta que las laterales y estando cubiertas por una bóveda de cañón (que cubre la techumbre originaria que es un artesonado de madera). Los pilares imitan pilastras que sustentan arcos de medio punto. En las naves laterales, de forma rítmica, se abren hornacinas creadas en los muros con retablos de piedra o madera que los decoran y realzan (costeadas siglos atrás por las familias más pudientes de la ciudad para sus mausoleos familiares). En dichas hornacinas se encuentran las numerosas imágenes devocionales que refugia este templo.
Como vemos su aspecto interior no concuerda con ese estilo mudéjar que hablábamos al principio, pues fue profundamente alterado a mediados del siglo XIX con el fin de adecuarlo a los gustos neoclasicistas de aquella época.
Los Sagrados Titulares ocupan la hornacina que hay junto al presbiterio en la nave del Evangelio, situándose a su vez junto a la capilla dedicada a la Inmaculada. Esta capilla fue ocupada hasta 1991 por la imagen de San José, que fue trasladada para dejar espacio a la imagen de Nuestro Padre Jesús atado a la Columna.
Esta hornacina se enriquece con dos columnas de mármol adosadas al muro, con capiteles corintios, que sostienen un friso corrido y un tímpano, rematado en sus esquinas con decoraciones florales, al igual que en el centro y las puntas del frisos.
