La Estación de Penitencia de la Cofradía se efectúa en la tarde noche del Jueves Santo, desde su Casa Hermandad, sita en el número tres de la calle San Francisco, a escasos metros de la sede canónica de la corporación. La misma tiene alrededor de seis horas de duración.
Los hermanos van vestidos con el hábito carmlita, con capuz del mismo color y cíngulo blanco a la cintura, en el caso de los penitentes, siendo esto dorada en los horquilleros. Al ser la Cofradía de Estudiantes de la ciudad, en varios lugares durante el recorrido la horquillería entona el Gaudeamus Igitur, himno universitario por excelencia.
El cortejo, siempre muy numeroso, es abierto por la cruz guía de la cofradía, que data del año 2006 y tiene forma de cruz arborea, tiene remates de orfebrería con baño de plata en sus puntas y porta un abeca en forma de sudario. Como curiosidad destacar que la madera con la que se realizó la misma procede de las vigas sustituidas que formaban la techumbre de la iglesia de San Juan. Justo detrás de la cruz van la guardería de la cofradía compuesta por los hermanos y penitentes más pequeños.
Justo detrás de la guardería, llama la atención y anuncian la llegada de la procesión un grupo de tambores roncos, seña indiscutible de la cofradía y que son tocados por los jóvenes hermanos de la cofradía.
El cortejo continua con numerosas fijas de hermanos que portan diferentes tipos de lucernarias, tanto velas, como cirios como cirios de bastón. Además la cofradía cuenta con un Via Crucis completo, cuyas pinturas son obras del pintor veleño Antonio Belda y los bordados realizados por la escuela taller de bordado en oro de la Agrupación de Cofradías.
Igualmente, dentro del cortejo se incluye un estandarte mayor del Cristo con pintura del afamado Francisco Hernández y cuya confección sobre terciopelo marrón y bordado en hilo de oro corrió a cargo de Bordados Vélez-Málaga de Don José Ruiz Núñez
El estandarte mayor de la virgen, estrenado el pasado Jueves Santo de 2025 y, que aún se encuentra en proceso de confección, se compone de una pintura de José Carlos Chica Ramos en soporte de terciopelo malva oscuro realizado por los talleres malagueños de Juan Rosen.
Junto a otros estandartes con pinturas de Bonilla (Cristo muerto echado sobre un yunque), Belda (rostro de Jesús atado a la columna) y Fortes (columna y beca sobre tierras veleñas), cabe destacar el juego de cuatro ciriales. Dos de ellos de factura antigua, adquiridos por la cofradía en un anticuario y remozados (se cambio su disposición y añadieron símbolos propios de la cofradía como columnas orladas de laureles) en el año 2022 en lo talleres de Orfebrería Cristóbal Martos, de la capital malagueña. A estos se unieron dos más al año siguiente, de nueva factura y con varias rosario cincelados en su cuerpo central como motivos alegóricos de la advocación mariana de la cofradía.
Dentro del corte sobrio de la cofradía, cabe destacar el mucho valor simbólico que tiene la existencia de cuatro cruces de penitencia de gran tamaño, imitando los penitentes que las portan el calvario que sufrió Cristo camino a la cruz.
En cuanto al trono de Nuestro Padre Jesús atado a la Columna Realizado en 1974 por el orfebre cordobés D. Francisco Diaz Roncero. De estilo renacentista está realizado en madera de haya tintada en caoba y con aplicaciones de alpaca plateada y repujada con motivos florales.
Con posterioridad, en el año 1990, se ha incorporado tanto las cresterías superior e inferior como las aplicaciones de alpaca de los moldurones que dividen estas estructuras y cuatro ánforas que se sitúan en las cuatros esquinas de la mesa del Trono para exorno floral. Todas estas últimas aplicaciones han salido de la mano de los talleres de Cristóbal Martos.
Por otro lado, en 1984 se incorporó al trono y en la sección superior de la segunda estructura cuatro artísticos arbotantes cuyos puntos de luz son faroles hexagonales, realizados por D. Francisco Diaz Roncero y posteriormente restaurados y nuevamente plateados por D. Cristóbal Martos en 2012.
En el año 2018 se realizaron dos nuevos escudos en latón sobredorado para el frontal y la parte trasera del trono, siendo el primero el escudo de la corporación y el segundo el escudo de la ciudad de Vélez. Además, se bañaron en plata todos los portatulipas, se cambiaron toda slas tulipas y se realizaron nuevas coronas para las mismas. Todo ello en alpaca plateada y cincelada por el mencionado orfebre Cristóbal Martos.
